예, 부작용에는 초기 부작용과 말기 부작용이 있는바 (1) 초기 부작용에는 방사 성동위원소 요도드를 복용한 후 7-10일 경에 일시적으로 갑상선 기능항진증의 증세가 더 심해지는 수가 있습니다. 이는 방사성동위원소에 의해 갑상선이 파괴되면서 갑상선내에 저장되어 있던 호르몬들이 갑자기 혈액내로 흘러나와 일어나는 현상으로 일시적이며 수일 후에는 자연적으로 회복됩니다. 간혹 침샘이 부으면서 일시적으로 침이 마르는 경우가 있으나 이도 일시적이며 자연적으로 회복 됩니다. 그리고 (2) 말기 부작용으로는 방사성동위원소 치료의 가장 흔한 부작용으로 갑상선 기능저하증입니다. 방사성동위원소 요오드는 갑상선을 파괴시켜, 즉 갑상선호르몬의 생산장소를 파괴하여 갑상선호르몬을 만들지 못하게 합니다. 그 결과 갑상선 기능항진증이 치료되는 것입니다. 따라서 방사성동위원소 요요드를 복용하면 할수록 그만큼 갑상선의 파괴도 심해져서 갑상선호르몬의 생산이 부족 하게 되고 결국에는 갑상선 기능저하증에 빠지게 됩니다. 그래서 의사들은 갑상선 기능저하증에 빠지지 않으면서도 갑상선 기능항진증을 완전히 치료할 수 있는 양을 투여하기 위해 여러 가지 검사와 환자의 상태를 고려해서 결정하게 되나 현재의 의학수준으로는 한계가 있고, 뿐만 아니라 환자마다 흡수되는 정도도 다르고 방사성동위원소에 대한 갑상선 조직의 반응에도 차이가 있어, 적당량을 맞춘다는 것이 어렵습니다. 갑사선 기능저하증을 피하기 위해 방사성동위원소 요오드를 적게 투여하면 치료효과가 불충분해서 여러 번 투여하게 되고 결국에는 갑상선 기능저하증을 피할 수 없게 됩니다. 갑상선 기능항진증의 치료법 중 방사성동위원소 치료법이 가장 효과가 우수하며 동시에 값도 싸서 가장 널리 쓰이는 방법이지만, 앞에서 설명한 바와 같이 갑상선 기능저하증의 빈도가 높아 문제가 됩니다. 그러나 갑상선 기능항진증은 환자가 받는 고통이 크며 항갑상선제로 그 치료기간이 길뿐만 아니라 자주 재발하는데 비하여, 갑상선 기능저하증은 치료법도 용이하고 환자가 받는 고통도 경미합니다. 즉 갑상선 기능저하증이란 갑상선이 파괴되어 호르몬 생산이 부족해서 나타나는 것이므로 적정량의 갑상선호르몬만 매일 복용하면 됩니다. 더구나 복용방법도 1일 1회 1정 혹은 1정 반만 복용하면 되기 때문에 갑상선 기능저하증의 부작용을 각오하고라도 방사성동위원소 요오드로 치료함이 더 유리한 때가 많습니다.