항갑상선제의 부작용중 가장 흔한 것은 과민성 반응(일종의 알레르기성 반응) 입니다. 투약을 시작해서 2-4주 경에 나타나는데, 가렵고, 두드러기나 혹은 붉 은 반점이 나타나며 심한 경우에는 열도 날 수 있습니다. 나타나는 증세는 개인 마다 차이가 많으나 일반적으로 그 정도는 그렇게 심하지는 않습니다. 전체 환자 중 약 3-8%에서 나타나며, 피티유나 메티마졸 모두 비슷한 정도로 나타납니다. 이는 약에 대한 과민성 반응이므로 투약을 중지하면 곧 사라집니다. 그 정도가 가벼울 때는 다른 종류의 약, 즉 피티유를 사용한 경우에는 메티마졸로 메티마졸을 사용한 경우에는 피티유로 바꾸고 항히스타민제를 같이 복용하면 해결이 됩니다. 만약 피티유와 메티마졸 모두에 과민성 반응을 보이거나 혹은 그정도가 심할 때는 항갑상선제 치료를 중단해야 하며, 수술이나 방사성동위원소 요오드 치료법 등 다른 치료방법으로 바꾸어야 합니다. 따라서 항갑상선제 복용 중 과민성 반응이 나타나면 일단 복용을 중단하고 의사와 상의해야 합니다. 부작용의 빈도는 극히 적으나, 치명적일 수 있는 부작용으로 무과립 구혈증이 있습니다. 치료시작 3개월 이내에 나타나는 경향이 많습니다. 혈액 내 백혈구 중 세균감염을 억제하는 역할을 하는 과립구들이 만들어지지 않기 때문입니다. 따라서 갑자기 40도 이상의 고열이 나며 인후통(목안이 아프다, 음식이나 침을 삼킬 때 아프다)이 나타나는데 즉시 치료하지 않으면 패혈증에 빠지게 되어 사망할 수도 있습니다. 이러한 경우에는 즉시 약을 끊고 다량의 항생제를 투여 하면서 세균감염을 예방하는 조치 밖에 없습니다. 적절한 치료를 하면 2-3주 후에는 정상으로 회복됩니다.