갑상선 기능저하증은 병변 부위가 어디냐에 따라 세 가지로 구별합니다. 갑상선 자체가 손상되어 호르몬 생산이 부족한 경우를 1차성 갑상선 기능저하증이라 하며, 대부분의 갑상선 기능저하증은 이에 속합니다. 갑상선 자체는 정상이지만 뇌하수체가 손상되어 갑상선자극호르몬의 분비가 감소되어 이차적으로 갑상선호르몬 생산이 부족해지는 경우를 2차성 갑상선 기능저하증 혹은 뇌하수체성 갑상선 기능저하증이라 합니다. 갑상선과 뇌하수체는 모두 정상이지만 시상하부의 장애로 인한 경우를 3차성 갑상선 기능저하증 혹은 시상하부성 갑상선 기능저하증이라 합니다. 갑상선 기능저하증의 대부분을 차지하는 1차성 갑상선 기능저하증은 갑상선 자체 손상으로 갑상선호르몬의 생사니 부족한 경우로서 이의 원인은 다양 합니다. 가장 흔 한 원인으로는 만성 갑상선염을 들 수 있고, 만성 갑상선염이란 자기 갑상선 조직 대한 자가항체가 저절로 만들어져, 이 항체가 자기 갑상선 세포를 파괴하여 일어나 일종의 자가면역 질환으로 일명 하시모토 병이라 부릅니다. 다음으로 흔한 원인은 갑 상선 기능항진증을 치료하기 위해서 방사성동위원소 요오드를 사용한 경우 또는 갑상 선 암이나 혹은 갑상선 기능항진증의 치료로 갑상선을 절제한 경우를 들 수 있습니다. 이외에도 의외로 갑상선호르몬 생산장애가 있거나 항갑상선제의 과잉 투여시 나타날 수 있습니다. 항갑상선제의 과잉 투여에 의한 경우는 일시적이며 투약을 중지하면 곧 정상으로 회복됩니다. 요오드 결핍시에도 갑상선 기능저하증이 나타나는데 우리 나라에서는 요오드가 많이 포함되어 있는 미여, 김 등 해조류를 많이 먹기 때문에 요 오드 결핍에 의한 갑상선 질환은 없습니다. 1차성 갑상선 기능저하증은 그 원인에 따라 갑상선이 커진 경우와 갑상선이 없어진 경우로 나눌 수 있는 바 예를 들면 만성 갑상선이 커지고 쉽게 만질 수 있으나, 반면 방사성동위원소 요오드를 투여했거나 수술을 받은 결과로 갑상선 기능저하증이 된 경우에는 갑상선은 만져지지 않고 겉으로 보이지 않습니다. 뇌하수체성 갑상선 기능항진증은 뇌하수체 종양이나 뇌 수술로 인하여 뇌하수체가 손상된 경우, 또는 출산 시 출혈이 심할 경우 뇌하수체 기능부전증이 병발 하는 경우 등에서 나타나는데 이때에는 갑상선은 커지지 않습니다.