만성 갑상선염은 아주 서서히 진행되는 만성 질환이기 때문에 임상 소견은 병의 진행정도에 따라 다릅니다. 일반적으로 병의 초기에는 별 증세가 없습니다. 환자가 느끼는 유일한 증세는 갑상선이 부었다고 하는 갑상선종이 나타납니다. 간혹 예민한 사람들은 목이 답답하든지 목에 뭔가 달려있는 것 같은 이 물감을 느끼는 수도 있으나 대분분은 잘 느끼지 못합니다. 처음에는 갑상선종도 비교적 작아 본인은 잘 모르나 주위의 친구들이나 혹은 가족들에 위하여 발견됩니다. 시간이 경과(수 개월 혹은 수 년)하면서 갑상선은 점점 커지며 갑상선호르몬 생산 능력을 잃게 됩니다. 우리 몸이 필요로 하는 만큼의 호르몬을 생산하지 못하게 되면 결국 갑상선 기능저하증에 빠지게 됩니다. 이 무렵부터 환자는 피로감을 느끼게 되고 앞에서 설명한 바와 같은 갑상선 기능저하증의 증상을 호소합니다. 갑상선종의 크기는 환자마다 다 다릅니다. 작은 경우에는 유심히 관찰해야만 겨우 발견되는 것으로 누구나 쉽게 육안으로 알아볼 수 있을 만큼 큰 경우까지 다양합니다. 만져보면 약간 딱딱한 편이며 그 표면은 불규칙하고 통증은 없습니다. 간혹 통증을 느끼는 경우가 있는데 이는 캡슐이 팽창되어 나타난 소견인데 매우 드문 일입니다.