감기, 몸살, 독감 등을 앓고 난 뒤 약 2-3주 후에 발병합니다. 비교적 갑자기 갑상선이 부어 오르며 아픕니다. 이때 느끼는 통증이 귀밑으로 퍼집니다. 전신이 나른하고 기운이 없으며 근육이 아프고 열이 나는 등 소위 몸살과 같은 전신적인 증상들을 동반하고 열은 대부분 37-38도 정도의 미열이지만 39도 이상의 고열이 나는 수도 있습니다. 이러한 증상과 더불어 약 절반 정도의 환자들은 갑상선 기능항진증의 증상을 나타내기 때문에 진정한 의미의 갑상선 기능항진증과는 감별해야 합니다. 즉 가슴이 두근거리며 신경이 날카로워지고 땀을 많이 흘리며 더위를 몹시 탑니다. 그리고 체중이 줄고 손이 떨립니다. 이러한 증상들은 1개월 내지 3개월 정도 지속되다가 자연적으로 없어지는 경우도 있습니다. 대부분의 환자들은 급성기를 지난 후에 정상으로 회복되지만 일부 환자에서는 급성기를 지낸 후에 일시적으로 갑상선 기능저하증의 시기를 거쳐 정상으로 회복됩니다. 아급성 갑상선염은 환자에 따라서 차이가 있지만 일반적으로 3개월 내지 6개월의 경과를 거쳐 자연적으로 회복되고 약 1/4의 환자에서는 재발하는 경우가 있습니다.