첫째는 수술입니다. 전술한 바와 같이 갑상선 암은 예후가 좋으므로 암의 진행 정도와 무관하게 무조건 갑상선을 제거하는 것을 원칙으로 합니다. 갑상선 암이 한쪽 갑상선에만 국한되어 있어도 가능한 한 좌우 갑상선을 모두 제거하는 것이 좋습니다. 암이 전신 즉, 폐, 뼈 등으로 퍼져 있어도 수술로써 갑상선 암을 제거해야 합니다. 갑상선암은 진행속도가 느리고 예후가 양호하며, 특히 방사성동위원소 요오드 치료에 반응이 좋아, 일차적으로 갑상선을 제거한 후 방사성동위원소 요오드를 투여하면 치료가 가능하기 때문입니다. 갑상선암도 위암, 폐암, 자궁암 등과 같이 전신에 퍼져 있으면 수술을 할 수 없고 곧 사망하는 것으로 잘못 알고 있는 경우가 많은데, 이는 아주 잘못된 생각입니다. 수술 후 합병증으로는 수술직후의 출혈, 감염 등이 있으나 이는 일시적이며 적절한 조치로써 곧 회복됩니다. 가장 문제가 되는 합병증은 성대마비와 부갑상선 기능저하증 인데 갑상선암을 제거할 때 성대로 가는 신경의 일부가 잘려서 일시적으로 혹은 영구적으로 성대마비가 올 수 있습니다. 일시적일 때 는 2-3개월 혹은 늦어도 6개월 후에는 정상으로 회복됩니다. 목소리가 쉬고 큰 소리를 낼 수 없는 불편함은 있지만 일상생활에 큰 지장은 없고 다행히도 이러한 합병증은 아주 적어 100명중 1-2명꼴에 불과합니다. 갑상선 뒤쪽에 부갑상선이 팥알만한 크기로 4개가 붙어 있는데 이 부갑상선은 혈액 내 칼슘 농도를 일정하게 유지시키는 역할을 담당하는 부갑상선호르몬을 생산합니다. 갑상선 제거 시 일부 환자에서는 부갑상선이같이 제거되거나 혹은 손상되어 부갑상선 기능저하증에 빠질 수 있습니다. 그 결과 혈액 내 칼슘이 감소하게 되어 손끝이나 입 주위가 저리고 감각이 이상해지면 손이 안으로 비틀어지는 경련이 나타나기도 합니다. 이러한 현상은 수술직후 일시적으로 나타났다가 곧 회복되는 것이 대부분이지만 극히 일부, 1,000명에 1-3명 정도에서는 영구히 부갑상선 기능저하증으로 빠지기도 하는데 이때는 평생 칼슘과 비타민 D를 복용해야만 합니다. 둘째로 방사선동위원소 요도드(131 I)치료법이 있습니다. 수술로 갑상선을 제거하여도 갑상선 조직의 일부는 남게 되는데 남아 있는 갑상선 조직에서 훗날 다시 암세포가 자라날 가능성이 있으므로 이에 대한 완전 제거가 필요합니다. 물론 수술당시 완전히 제거시키면 되지만 이럴 경우 앞에서 말한 여러 가지 합병증이 따라올 가능성이 많아 남아있는 갑상선 조직은 방사성동위원소 요오드로 파괴시킵니다. 정상 갑상선 조직뿐만 아니라 암세포도 요오드를 섭취하는 능력을 갖고 있기 때문에 방사성동위원소 요오드를 투여하면 암세포를 포함하여 갑상선 세포가 이를 섭취하게 되므로 치료효과를 기대합니다. 방사성동위원소 요오드에서 나오는 방사능이 갑상선 세포들만 선택적으로 파괴하게 되어 다른 장기에는 영향을 미치지 않고 갑상선 세포를 제거하게 되는 결과가 됩니다. 이때 투여하는 양은 갑상선 기능항진증의 치료량보다 훨씬 많은 양을 투여하게 됩니다. 치료효과를 높이기 위해 갑상선 기능저하 상태에서 투여하는 것이 좋습니다. 따라서 수술 후 적어도 4 내지 6주 후에 투여하거나 갑상선호르몬을 복용하던 환자는 약을 끊고 적어도 4주 이상 경과한 후에 투여합니다. 방사성동위원소 요오드를 투여하고 3일 이후에 감마 카메라로 전신 촬영을 실시합니다. 이는 투여한 방사성동위원소 요오드가 잘 섭취되었는지 확인하고 동시에 갑상선 이외의 부위에 암 세포가 전이되었는지를 알아보기 위한 것이고 촬영한 다음부터는 신지로이드를 다시 복용해야 합니다.